ヘルパンギーナの原因となるのは、エンテロ（腸管）ウイルス群に属する「コクサッキーA群」と総称されるウイルスをはじめとした何種類かのウイルスです。
これらのウイルスが咳やくしゃみで飛散し、感染の原因となります。また、ヘルパンギーナに感染している乳幼児が舐めた手や指で触ったおもちゃを介して感染する場合も考えられます。
したがって、幼児たちが玩具を共用することはなるべく避け、使ったおもちゃは水洗いをした後に消毒したり日干しするなどして、念入りに殺菌するよう心がけましょう。
ヘルパンギーナの回復期には、ウイルスは口腔内から便へと移行するため、トイレに行った後に十分手を洗わずタオルを共用したり、赤ちゃんのオムツ替えをしたりする際に感染することがあります。
ですから、手洗いを忘れずに励行することが重要になります。
加えて、ヘルパンギーナのウイルスはアルコール消毒に強いという特性があるため、ゴム手袋などを着用するという方策や、エタノールや次亜塩素酸ナトリウムによる消毒も非常に有効です。
ウイルスに感染した場合の潜伏期間は、一般的に2〜5日で、長くても一週間程度です。
潜伏期間内には自覚症状が現れず、感染しているかどうかを確認することは非常に困難です。ヘルパンギーナに有効な予防接種などはないため、効果が期待される予防法としては、手洗い・うがいの徹底、感染者との接触を避けるといった、日常の心がけが何よりも肝心です。
ヘルパンギーナの流行は例年西から東へと推移し、9〜10月にはほとんどみられなくなります。
患者の年齢層で最も多いのは１歳代で、患者のほとんどを4歳以下の子どもが占めています。